病理科是医院最早成立的研究和诊断科室之一。主要承担医院的医疗、教学及科研工作。截止到2005年1月，完成临床各种病理活检诊断46000余例（各型肺癌6000余例），肿瘤脱落细胞学病理检查246000余人次，肺癌痰细胞学阳性率达到60~70%，大部分肺癌患者术前得到明确诊断，且分型准确。在诊断及鉴别诊断中，开展了组织化学、免疫组织化学、电子显微镜等辅助诊断方法，使病理诊断的准确性达到新的水平。尤其手术中快速冰冻诊断在20~30分钟内做出明确诊断，冰冻和石蜡切片诊断符合率处于较高水平。
       在科研和教学工作中，共获得市级及局级科技成果奖10项，公开发表论文40余篇，培养病理专业研究生5名，协助其它科室培养研究生7名。配备了多台通用公司的彩色多谱勒超声诊断仪和其他检查仪器，其中包括现今国际上最先进的全身诊断仪GE LOGIQ 7以及目前唯一的大视野。气管镜室配备各种型号纤维支气管镜达15条，不但能进行检查并开展多项治疗，每年检查治疗病例达2000人次以上。 核医学科配备世界上最先进的PHILIPS_IRIX三探头可变角符合线路（PET）及SPECT断层扫描仪，可进行全身及个脏器同位素扫描检查。