亦庄同仁医院普外科包括肝胆外科、消化道肿瘤外科、以甲状腺为主的综合外科、以乳腺为主的综合外科、血管外科、整形美容科及细胞移植实验室。每日完成大量医、教、研任务。总体水平达北京市先进水平。某些领域达北京市领先水平。肝胆外科是普外科重点科室。

    亦庄同仁医院普外科广泛开展了微创手术，包括：腹腔镜胆囊切除手术、腹腔镜肝囊肿开窗术、胆总管结石十二指肠镜下括约肌切开取石术、大肠镜下息肉、肿物活检及切除术。腹腔镜手术是现代科学和外科技术的完美结合。手术时外科医生只需在病人的腹壁上切开3-4个1厘米左右的微小切口 作为腹腔镜手术器械进入腹腔的通道，外接电视监视器，医生在电视监视下进行手术操作，手术视野清晰，术后伤口不用缝合。病人在术后1天就可下床活动、进食，3天就可出院,4周后可照常工作生活，伤口瘢痕小。腹腔镜手术主要用于慢性腹痛。难以下决心是否手术的急腹症、腹部恶性肿瘤的分期等诊断和胆囊切除术，先天性肝囊肿开窗引流术、疝修补、阑尾切除术等治疗。