消化内科成立于2011年，2013年成为衢州市重点建设学科，是衢州市第二人民医院的重点学科。现病房设定床位24张，有高级职称1人，中级职称1人，在职硕士研究生2人。 主要医疗设备：目前配备国际先进的奥林帕斯260HD内镜系统，包括有电子胃镜，电子结肠镜等，有德国产ERB氩气刀治疗仪，高频电凝治疗仪，老肯牌全自动内镜清洗消毒机，C13/C14呼气试验仪，螺旋CT、国际先进的核磁共振等。 2011年以来消化内科相继开展了包括食道、胃小肠大肠肝胆脾胰各脏器器质性功能性疾病及各种毒物中毒诊治。常规开展消化道大出血急诊内镜下止血；内镜下食管静脉曲张硬化剂注射/套扎治疗；消化道狭窄扩张术及食管胃肠支架置入术；胃肠息肉摘除术；胃食管异物取出术；消化道空肠营养管置入术；首先在衢州地区县区级医院开展了内镜下胃肠道早期肿瘤切除术。近年来消化内科诊治罕见凝难病有梨状窝巨大息肉，P-J综合症，直肠侧方发育性肿瘤，早期胃癌等。 科室注重人才培养，科内人员每年均分次被派往上级医院参加轮训或学术交流。浙江大学医学院附属第二医院消化内科专家的衢州市专家工作站设在消化内科，开展了浙江省卫计委科研A类科研项目项目“衢州地区消化道肿瘤的筛查”。在衢州地区率先开展消化道肿瘤筛查及多学科诊治工作。2013年，2014年消化内科被评为衢江区青年文明号。 消化内科注重科研工作，2011年来承担衢州市级科技项目3项，浙江省医药卫生科技项目2项，近年来在国家II及I类杂志发表学术论文6篇。