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1.先天性巨输尿管 也可引起肾、输尿管扩张积水，尤其输尿管扩张较显著，与膀胱输尿管反流造成的积水相似，临床表现也相似。但先天性巨输尿管病变位置在输尿管末端，IVU或逆行尿路造影显示输尿管末端狭窄，造影剂排泄梗阻。膀胱造影无输尿管反流。膀胱镜检查输尿管开口正常。
2.输尿管肿瘤 可引起肾、输尿管积水。但输尿管肿瘤以无痛性肉眼血尿为临床特点。IVU或逆行造影可见输尿管内充盈缺损。排尿期膀胱造影无膀胱输尿管反流。膀胱镜检查见输尿管开口正常或有乳头状或菜花状新生物从输尿管口突入膀胱。
3.输尿管结石 可引起肾、输尿管积水。但多有反复发作的腰腹部绞痛或酸胀伴血尿。IVU检查显示输尿管内结石影及排泄受阻。对少量阴性结石，B超或CT检查可发现结石。膀胱造影无膀胱输尿管反流。膀胱镜检查见输尿管开口正常。
4.输尿管口囊肿 可引起肾输尿管积水。IVU显示膀胱内因囊肿突入膀胱形成的充盈缺损。有“眼镜蛇头”样负影，无输尿管反流。但B超及CT检查均显示膀胱内囊性肿物。膀胱镜检查见输尿管口囊性肿物，中央有孔排尿，呈节律性充盈与萎陷。
5.下尿路梗阻性疾病 下尿路梗阻性疾病如前列腺增生症、尿道狭窄、神经源性膀胱等疾病的晚期都可以引起膀胱输尿管反流。无论体格检查、X线检查等都可以发现原发病的表现，更重要的是由下尿路梗阻性疾病引起的膀胱输尿管反流都是双侧性的。
