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习惯性流产的发生并不是单一的，顾要和综合的进行检查和治疗，同时要补充适量的多种维生素，少食汞含量高的鱼类海产品。避免接触毒物及射线，预防各类感染等，避免多次的流产，积极查找病因进行治疗还是可以顺利生下孩子的。
一，不明原因习惯性流产，也称为同种免疫性流产。是指排除以上所有因素的流产。占习惯性流产的40-80%不等。这类病人可于孕前给予主动免疫治疗一个疗程，疗程结束后三个月内尽快受孕，孕后再治疗一个疗程，约90%的这类患者经免疫治疗后成功妊娠。
二，免疫性疾病：常见的是抗心磷脂抗体所致的流产。抗心磷脂抗通过不同的机制终导致胎盘血管栓塞，胎儿因此得不到足够的血供，终停止发育而流产。治疗可据病情选用糖皮质激素和阿司匹林单用或连用，孕期可选用低分之子肝素抗凝治疗，并密切检测凝血指标。
三，内分泌功能是失调：常见的有黄体功能不足，高泌乳素血症，此类不孕病因的流产需在孕前诊断及针对性地治疗后方受孕为好，一经确诊妊娠后继续给予黄体支持直至孕三月。
四，生殖道感染：主要指各类细菌感染，弓形虫，巨细胞病毒，单纯疱疹病毒感染。这些感染有可能通过胎盘屏障传给胎儿导致胎儿感染死亡或畸形。需要在孕前治愈后方受孕以避免妊娠后不得以的引产所带来的创伤。
五，生殖道解剖异常：包括子宫先天发育异常和后天子宫疾病所致的子宫异常，例如纵膈子宫，单角子宫，多次人工流产或宫腔感染所致的宫腔粘连，子宫粘膜下肌肉，子宫内膜息肉，宫颈口松弛等。若为不全纵膈需据纵膈大小及其对宫腔的影响选择手术治疗，对宫腔粘连者可行粘连分解术，子宫粘膜下肌瘤及息肉应摘除之。
六，染色体异常：指夫妻双方或一方或胚胎染色体异常所致的流产。是习惯性流产必须的检查项目，若能获取流产的胚胎还需对胚胎进行染色体的检查。因为某些胚胎染色体异常其父母的染色体可能正常。染色体异常者应据异常的种类判断能否再妊娠，若能再妊娠也应做产前诊断以优生优育。