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子宫内膜异位症的发生，是以经血逆流，内膜种植为主的综合病因所致。诸多因素能促使子宫内膜异位的发生。
一、月经疾病
尤其是月经周期缩短，月经频发，月经量多，经期过长，行经腹痛等，这些月经病，增加了经血由输卵管道流至盆腔的次数和血量。行经腹痛的患者，特别伴有剧烈腹痛的患者，特别伴有剧烈腹痛者，由于血中前列腺素分泌增多，会引起子宫强烈收缩，与此同时，更增加了经血逆流与子宫内膜碎片随之游离的机会。
二、忽略经期卫生
月经期间，盆腔充血，子宫敏感，收缩的频率及强度增加，如果不注意情志调理，过分激动，紧张易怒，焦虑恐惧劳累过度，剧烈运动，体位突变尤其在行经期间不忌房事妇科不必要的内诊检查，或过重的挤压经期使用阴道栓等都容易增加经血逆流的机会和血量。
三、妇科手术操作
多次做人工流产手术会使子宫腔内压力改变，子宫收缩，很难避免子宫内膜碎片和血液通过输卵管进入盆腔。近年来剖腹产手术增多，也增加了将子宫内膜种植在子宫肌壁、盆腔、腹壁等部位的机会。未严格掌握放置宫内节育器的规定及术后并发症处理不及时，均可增加经血逆流、子宫内膜种植的可能性。
四、子宫位置不正
正常子宫位置为前倾前屈，以利于经血流出，如果子宫后倾后屈，尤其程度较重者，容易造成经血流出不畅，积聚子宫腔，使子宫腔内的压力增加，给经血逆流进入腹腔创造了条件。
五、生殖器官异常，包括先天发育异常和后天失误造成。先天发育如子宫闭塞，阴道横隔，处女膜闭锁等。后天可因人工流产，宫腔、阴道手术，阴道用药等，形成宫颈、宫口、阴道、阴道口粘连，经血不能排出体外，宫腔内的压力增高，导致经血逆流，进入盆腔。因此，凡患有原发或继发团经者，应及时检查治疗。
子宫内膜异位症是较难治愈的疾病，为预防此病的发生，首先要抓紧以上疾病的治疗。