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细菌或病毒感染胎儿的途径有两条：其一是母婴传播，即血循环中的微生物通过胎盘，传至胎儿。其二是源于阴道的上行感染，即通过宫颈进入子宫和胎膜。
感染有的发生在受孕时，有的则发生在受孕后不久。大多数病毒感染引起的先天性畸形是中枢神经系统畸形。由于早期妊娠是胎儿器官形成、分化时期，对外来因素的干扰敏感，因此在妊娠期感染出现的越早，对胎儿损伤的结果也就越严重。
可能引起习惯性流产的感染有：
1、衣原体、解脲支原体感染它们是介于细菌和病毒之间的一类微生物，是一个新的感染菌群。这一感染可通过性交传播。因此，感染的夫妇双方必须同时治疗。妊娠期妇女宜用红霉素类药物治疗。此感染可能无明显临床症状，但可以引起反复流产。
2、疱疹病毒感染早孕期间的生殖器疱疹病毒感染也会导致流产，同属性传播性疾病。
3、风疹、麻疹、腮腺炎、流感以及弓形虫感染均可能引起流产。