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1.血中病原体检查 人体四种疟原虫只有**疟一种在周围血内仅见环状体和配子体，且在发作期检出机会较多，发作间歇期多数原虫进入内脏毛细血管，如当时配子体尚未出现，则血检可能暂呈阴性，因此**疟在发作期间查血为适宜其余三种疟疾的血检不受时间限制，无论在发作期及间歇期均可见到原虫。临床上酷似疟疾，血检原虫阴性者，应坚持查血2次，连续几天。细致地按规定检查厚血膜，其功率高于薄血膜很多倍，凡是疟疾，终定能在周围血中查到疟原虫。从患者耳垂或指尖刺取血液涂片、染色、镜检，迄今仍是可靠的确诊疟疾方法，如发现红内期疟原虫即可确诊。
鉴于镜检法的准确性受到血中原虫密度、制片和染色、服药后原虫变形或密度下降以及镜检经验等因素的影响，近年来对传统的血检法有了一些改进。其一为Becton Dickinson公司QBC法quantitative buffy coat。用含有抗凝剂和吖啶橙的毛细管，取病人60&mul血，加一个浮器，离心后，疟原虫浓集在红细胞上层和白细胞下层，由于管中央有浮器存在，把上述两层细胞和疟原虫推向管壁，可以直接在荧光显微镜下检查发荧光的疟原虫。此法有浓缩作用，可提高敏感度，不需要染色，节省了时间。其二是0.5％～1.0％皂素溶液代替普通水溶血，然后以吉氏液染色后镜检。优点是以皂素处理过的厚血膜底板清晰，无红细胞残骸和血小板干扰，有助于疟原虫检出。
2.免疫学检测 ①检测疟原虫抗原可查出原虫血症者，故对临床诊断为现症病人以及从人群中查传染源、考核**均可使用。主要方法有琼脂糖扩散试验、对流免疫电泳、酶联免疫吸附试验、直接荧光或酶免疫染色法等②检测疟原虫抗体：可用于流行病学调查，追溯传染源借助测定流行区人群抗体的高低，来推断疟疾的流行趋势过筛供血者以预防疟疾输血感染，以及考核抗疟措施的等。此外对多次发作又未查明原因者，检测疟疾抗体有助于诊断。检测抗体的方法较常用的有间接荧光抗体试验、间接血凝试验、酶联免疫吸附试验等。
3.核酸探针检测 目前国内外已有几种不同的核酸探针用于疟原虫的检测。由于其独特的高特异性，敏感性可高于镜检，认为核酸探针非常有希望替代常规的显微镜检查，且可在短时间内成批处理大量样本，已被认为可以定量及估算疟原虫血症，是疟疾流行病学调查及抗疟措施很有潜力的诊断工具。目前大量生产核酸探针和大规模现场使用尚存在一些问题须解决。
4.PCR检测 目前公认，在各种疟疾检测方法中，PCR方法的敏感性和特异性是高的。为进一步提高PCR的敏感性和特异性，以及便于在实际工作中推广，在此基础上，又进行了巢式PCRnested PCR、PCR-ELISA等方法的研究。除能够直接检测抗凝血样中的疟原虫外，PCR检测滤纸干血滴上的疟原虫也已成熟，从而便于以PCR监测边远地区的疟疾。由于它对实验和条件的要求较高，从而限制了其在现场的应用。就目前多数疟区的条件，现场采血后，尚要回到具有较好条件的实验室做进一步的分析处理。
5.Di
stick方法 目前，卫生组织应用Di
stick方法，其原理是利用**疟原虫能够合成、分泌一种稳定的水溶性抗原-富组蛋白Ⅱhistidine rich
roteinⅡ，HRPⅡ，以其制备的单克隆抗体滴于免疫层析条上，经过吸附、洗涤与显色，检测血中富组蛋白Ⅱ的存在。据国外比较Di
stick及其他几种方法的，Di
stick方法诊断疟疾的敏感性84.2％～93.9％和特异性81.1％～99.5％均较高且具有操作简便、快速稳定、易学的特点，适用于镜检或实验室质量难以保证、及待确定疟疾的流行范围、疟疾呈低度传播、需避免药物滥用以减少抗性发展的地区。必须指出的是，应用Di
stick方法也有一定的局限性，用此法难以检出尚处于潜伏期或血中仅含有成熟配子体的**疟原虫。