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阴茎外观短小的人绝大多数都伴有包皮过长或包茎，小阴茎便是其中一种，对于小阴茎的治疗首先须弄清病因，若因内分泌功能障碍导致者可给予内分泌激素治疗，若因阴茎上雄性受体异常所导致者一般对内分泌治疗不敏感，这就应考虑手术治疗。
时间选择
手术的时间如何选择这就要据具体情况而定了，因为对于小阴茎患者的手术存在一个问题，这就是性别的选择。对于阴茎极度细短者，应考虑改变性别，因为若想保留男性性别，即使通过手术延长了阴茎，也不可能使阴茎达到正常大小及得到相应的性功能，患者可能永远也不能满意地扮演男性角色。
小阴茎的手术治疗一般适用于青春期后阴茎依然较短者，一般不主张应用于婴幼儿，但是如果医生早期建议行变性手术，则好应在18月龄前完成，因为此时患儿尚无性别意识，可以避免对性心理发育的影响。
具体术式
对于坚持男性性别的患者可用真空负压吸引、小阴茎延长术、阴茎成形术、阴茎假体置入等方法治疗，其伴有的包茎、包皮过长等问题不可在上述手术中同时解决，应在行上述手术6周前完成。行变性手术者可用包括双侧睾丸切除、外阴成形术、雌激素替代在内的方法治疗。