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可据症状和特征性口腔损害作出诊断。好通过从损害处分离到病毒或通过特征性抗体滴度升高加以证实，但这些检查并不常规采用。鉴别诊断包括疱疹性口腔炎特点为任何季节均可发病，呈现更大的，持续更久的溃疡，复发性口疮和Bednar口疮很少发生于咽部，而已一般无全身症状。柯萨奇A组10型病毒也会引起类似病变淋巴结性咽炎，但口咽部损害突出，呈现白色到黄色小结。治疗为对症处理。
该病有流行趋势，常见于婴幼儿，临床特征为骤起高热伴有咽喉痛，头痛，厌食，并常有颈，腹和四肢疼痛。在婴儿常发生呕吐和惊厥，起病2日内口腔粘膜出现少数很少多于12个小的直径1~2mm灰白色疱疹，周围绕以红晕，多见于扁桃体前部，但也可位于软腭，扁桃体，悬雍垂，舌部等，在以后的24小时内水泡破溃变为浅溃疡，直径一般在5mm以下，1~5日内愈合。并发症少见：症状一般7日内消失。在感染后能产生持久的免疫，但A组中其他型病毒或其他肠道病毒也可能引起再次发病。
咽峡炎" 疱疹性咽峡炎是一种急性传染性，发热性疾病，是由许多A组柯萨奇病毒，偶尔也有其他肠道病毒，所引起，其特点为疱疹性溃疡性粘膜损害。