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应与麻疹、风疹、猩红热、幼儿急疹、口足病等，根据流行病学、典型综合症状及病毒培养分离进行鉴别。
1.风疹 主要发生于婴儿，其特征为耳、枕骨下淋巴结肿大，有压痛。而埃可病毒感染为夏季发病、无瘙痒、也无颈后和耳后淋巴结肿大。
2.轮状病毒和致病性大肠埃希杆菌引起的腹泻 轮状病毒性腹泻好发于秋、冬季，它与大肠杆菌引起的腹泻脱水症状均较明显。埃可病毒感染多见于婴儿，腹泻为主要症状，一般不出现脱水症状，确诊要依赖病原学和血清学检查。
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