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1. DNA Probe：对于临床常见致病分枝杆菌，已有现成可以获得的DNA探针，包括结核分枝杆菌复合群、鸟、胞内、堪萨斯、戈登等分枝杆菌。探针
经吖啶酯标记，结果经荧光光度计测定，实验周期仅2 h，方法简便易行。缺陷已如前述：不是所有分枝杆菌都有已知的特异探针，结核杆菌复合群的探针不能区
分人型，牛型及BCG等。
2. PCR-直接测序法：这种方法的基本过程是，先PCR扩增一模板DNA，然后对扩增片段进行测序。测序后或人工解读或使用数据分析软件自动解读。基
于PCR的测序已成为分枝杆菌菌种鉴定的金标准，甚至有人将此用于直接检测标本中的分枝杆菌，尤其对于传统培养不能生长的菌种[14，15]。常用的靶基因有：16S-rRNA基因，是非常理想的基因分类靶基因有如下优点：①其分子结构具有高度保守的特性，只在某些位置有少量的核苷酸序列改变，而这些位置的改变有分枝杆菌属或种特异性。②许多分枝杆菌的16S-rRNA基因序列已测定完成。③长度适中，基因在细胞内有多拷贝。针对该基因两个高度可变区进行测序可以鉴定大部分分枝杆菌菌种，但不能区别结核杆菌复合群，堪萨斯与非致病性胃分枝杆菌在此两个区域序列相同，在区分海及溃疡分枝杆菌时需另外测定16S-rRNA基因的其他序列[16，17]。Kirschner等[16]于1993年就利用这一方法实现了对52种分枝杆菌的菌种鉴定。另外32-kDa蛋白[18]，65-kDa热休克蛋白[19]和16S-23S rRNA区间序列包含足够的序列多样性，可以区分所有临床上重要的分枝杆菌，也可鉴别堪萨斯和胃分枝杆菌。
