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引发手足口病的肠道病毒有20多种(型),其中以柯萨奇病毒A16型(Cox A16)和肠道病毒71型(EV 71)最为常见。早期发现的手足口病的病原体主要为Cox A16型。一般来说柯萨奇A16型后遗症比EV 71小。