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混合性厌氧菌感染指数量在百个左右的非产芽胞的正常厌氧菌群和需氧菌群的共生关系遭到破坏(例如外科手术或其他创伤、血液供应差或组织坏死)，其中的某些菌种可引起伴有高发病率和高死亡率的感染，经这些途径进入人体后可随血流扩散至远处。因为需氧和厌氧菌常可发现于同一感染部位，因此感染可能是混合性的，除非用适当的办法进行分离和培养，厌氧菌可能被忽视。然而厌氧菌可能是胸膜腔和肺、腹腔内、妇科、中枢神经系统、上呼吸道感染和皮肤疾病及菌血症的主要病原菌。厌氧菌和需氧菌混合性感染率高达82%
