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尿道对结核菌有很强的抵抗力，尿道受到生殖系结核与泌尿系结核的双重侵犯，但尿道结核仍很罕见，尿道结核主要发生在男性，多并有严重的肾结核。在泌尿生殖系结核中，结核是很罕见疾病，发病率不足1%。
阴囊坏疽(gangrene of scrotum)是一种极严重、少见的急性阴囊感染性疾病，起病急，发展快，病情重。由于细菌侵入而引起感染暴发，并导致阴囊血管栓塞，在2天内甚至10h内即可发生阴囊坏疽。若诊断不及时，处理不当，可危及患者生命。
无睾症又称先天性睾丸缺如，患儿出生时单侧或双侧单纯性无睾丸，外生殖器表现为男性，性染色体无异常。临床上较少见，分为单侧和双侧睾丸缺如两类。无睾症应该区别于诸如精索扭转或是睾丸炎等引起的部分或完全性的睾丸萎缩，这些情况下至少组织学上能够发现退化残存的睾丸组织，无睾症可以是先天的，也可以是获得性的。
阴茎阴囊象皮肿是晚期丝虫病最突出的表现，大多由班氏丝虫所引起。由于淋巴管炎症、阻塞、破裂，皮肤、皮下组织增生变厚而形成象皮肿。当继发链球菌感染时，可使病变进一步加重。
嵌顿包茎为包茎或包皮过长的常见并发症，多见于手淫或性交后，其基本征候特征为包皮上翻至阴茎头上方后未复位，包皮口紧勒在冠状沟处，将循环阻塞，影响淋巴及静脉回流而引起水肿。
Lowley(1929)首先报告前列腺异位，提出在前列腺正常部位以外发生的前列腺组织称之为前列腺异位。 前列腺异位可出现在不同部位，如膀胱三角区、膀胱颈、膀胱壁肌层，阴茎根部、残留脐尿管的末端，前列腺部尿道内，张正午等报告巨大盆腔前列腺异位(重400g)，张定金等则报告1例包皮前列腺异位，实属少见，膀胱内的前列腺，常被误诊为膀胱肿瘤，前列腺部尿道内的前列腺异位，往往以“尿道息肉”的形态出现。
生殖道肿瘤(genital tract tumors)，妇女最常见的起源于生殖道的皮肤转移癌为卵巢(4%)，子宫内膜(4%)和子宫颈(2%)。躯干骨盆区和脐部为这些皮肤转移癌的主要部位。通常为妊娠期肿瘤的绒毛膜癌，常作为转移癌转移到皮肤并非少见。男性原发性肿瘤为前列腺，其皮肤转移癌不足1%，常见于骨盆区。
男科外伤是男性的生殖器如阴茎、阴囊和睪丸受到外伤的疾病，只是因为该部位受衣着的遮蔽，经过治疗后的外伤，一般并不为旁人看得见。
泌尿生殖系放线菌病系主要由牛型放线菌引起的一种人畜共患的肾脏感染性疾病。放线菌可通过消化道引起结肠或腹部放线菌病，并可直接蔓延至肾、膀胱。有时可经血行途径侵犯睾丸、附睾、阴茎、前列腺等处。
前列腺钙化，纤维化，是前列腺发生炎症愈合后留下的疤痕，是前列腺结石的前兆。前列腺结石常伴有慢性前列腺炎症，一般通过B超检查能看到这些病变。由于前列腺结构特殊性，发生钙化、结石一般没有较好的治疗方法。前列腺钙化（纤维化）、结石上会滋生细菌，所以又是前列腺炎反复发作的一个原因，不能忽视。前列腺囊肿多发生于成年人，糖尿病患者更易发生，临床表现排尿梗阻或大便梗阻，排尿梗阻常会引起急性尿潴留。有时从尿道流出浓性分泌物，指肛检查可触及前列腺有波动感，但常在后期方出现。偶有脓肿破入尿道、直肠、会阴或膀胱周围间隙，引起结缔组织炎。但有的病人可能无发热，主要表现下尿路梗阻，不少病人并有附睾、睾丸炎。囊肿外科主要通过引流，如会阴切开引流或经尿道前列腺切剖引流。
