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（一）心理治疗 对2/3病人。治疗胃肠功能性疾病的关键在于解除心理障碍调整脏器功能。如果患者怀疑或忧虑自己患了某种疾病，医生进行针对性检查，解除疑虑稳定了情绪，这本身也是一种治疗手段。
（二）支持疗法 除非患者全身情况很差，一般不需卧床休息。生活有规律，适当体育活动，可增强体质，加速神经功能恢复。神经性厌食者伴严重营养不良、鼻胃管进食又引起腹泻的患者，需静脉输入营养。高纤维素食物可缓解IBS病人的症状。
（三）药物治疗 短期给予三环类抗抑郁药对具有明显精神症状的患者有用，在痉挛性腹痛的IBS患者，抗胆碱能药物双环维林（dicycomine10～20mg，3～4次/d）可减轻餐后腹痛和便意窘迫；钙拮抗剂得舒特50mg 3次/d可减少餐后锋电位活动的增加，薄荷油0.2ml饭前服用，可松弛平滑肌均对腹痛有一定缓解作用，洛哌丁胺（易蒙停2mg 4次/d）对腹泻型IBS。
（四）中医治疗
1.神经性呕吐 如除呕吐外无其他见证，可用小半夏获苓汤加减以止吐，对轻症患者。
2.吞气症 可用旋复代赭汤加减治疗。
3.肠激惹综合征 若有腹痛而泻，胁肋满闷及脉弦，则为肝脾不和，可用痛泻要方加减。若每天于黎明前腹鸣而泻、腹凉肢冷，舌淡脉弦细，为脾肾阳虚，用附子理中汤合四神丸加减进行治疗。
（五）其他治疗
针灸、理疗等有时，可按具体情况采用。
