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阴道上皮内瘤样变应与以下疾患鉴别，但由于下述疾病均可有轻度不典型增生，它们与肿瘤性的非典型增生之间在细胞学和病理上均难以区分，故鉴别诊断的关键在于定期行阴道涂片检查或病理检查，以其发展趋势来判定。
1.阴道炎或阴道上皮萎缩 症状与体征往往与阴道上皮内肿瘤雷同，主要靠病理检查鉴别。病检表现为：炎症时，见细胞增生，同时由于细胞质内糖原减少，核浆比例增大，但整个细胞极性保持，核分裂少，且多在深层。
2.人乳头状瘤病毒感染 此类感染的症状和体征与阴道上皮内肿瘤常无区别。其病理表现为细胞不典型增生位于中、浅层，并出现挖空细胞。
