旋毛虫病的潜伏期一般为5~15天，平均10天左右。其临床表现多种多样，轻者可无明显症状，症状不典型者常被误诊，重者可在发病后3~7周内死亡。与感染程度、病变部位以及宿主的免疫状态等因素有关。临床表现可与致病过程相应地分为3期：
（一）肠型期（幼虫侵入期）
幼虫钻入肠黏膜发育为成虫，因机械作用及排泄、分泌物的毒性作用引起十二指肠、空肠前段黏膜的广泛炎症、水肿、充血，甚至出血、糜烂。并由于成虫系以肠组织，尤其是肠绒毛作食料，因此其破坏范围较大。发病第一周内患者可出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道症状。除严重感染者外，本期症状一般较轻微，常被患者忽视。患者在此期还可同时伴有乏力、厌食、畏寒及低热等全身症状。
（二）急性期（幼虫移行期）
幼虫经血液循环移行侵入肌肉，引起血管和肌肉炎症，导致肌纤维变性坏死，炎症细胞浸润，形成小型肉芽肿。同时在全身各组织移行时尚可引起小动脉和毛细血管的急性炎症、间质水肿，尤其可引起心肌的损害，亦可引起肺、肝、肾和脑实质的损害。由于各组织的损害以横纹肌为主，加之虫体的排泄、分泌物和组织破坏包括肌纤维破坏所产生的有毒物质对机体的毒性作用及机体的过敏反应，因此，患者在此期的典型表现为持续高热、眼睑和面部水肿、过敏性皮疹、血中嗜酸性粒细胞增多等变态反应性表现及全身性肌肉酸痛等。患者一般在发病后第二周出现持续性高热，体温常在38~40℃之间，热型以弛张热为主，也可成稽留热、不规则热或低热，一般持续2~4周，重者可达6周，以后热度逐渐下降。在发热的同时多数患者出现眼睑及面部水肿，重者可伴有下肢甚至全身水肿，部分患者尚有眼结膜下出血与指甲下线状出血。全身性肌痛是本病最为突出的症状，肌肉肿胀，有硬结感，压痛与触痛明显，尤以腓肠肌、肱二头肌及肱三头肌为甚，患者常呈强迫屈曲状而不敢活动，几乎呈瘫痪状态。部分病人可伴有咀嚼吞咽和说话困难，呼吸和动眼时均感疼痛，患者感觉极度乏力；部分病例有心肌炎表现，亦可出现肺、肝、肾、脑等脏器受损的症状；重症者可出现恶病质、脱水虚脱，可因毒血症或心肌炎而死亡，或因并发肺炎、脑炎而死亡。应用药物治疗之前国内的死亡率约在3%左右。
（三）恢复期（包囊形成期）
幼虫在横纹肌内被包围形成囊包后，急性炎症消退，全身症状逐渐消失，但肌肉疼痛可持续数月之久。
上述临床表现为旋毛虫病典型的病程经过，常见于有食生肉习惯的地区以及严重感染者，而多数病人的症状一般较轻或不典型，主要表现为长期不明原因发热及四肢和腰背部肌肉酸痛，多数病人伴有早期眼睑水肿，绝大多数病人无胃肠道症状，皮疹亦少见。部分病人肌痛也不明显，仅表现为四肢酸困乏力等。