手足口病的主要特征是在手、足、口、臀部出现皮疹或黏膜疱疹，有时会出现高热或低热伴出疹。少数重症患者可并发无菌性脑膜炎、脑炎、急性弛缓性麻痹、肺出血和心肌炎等，出现神经系统并发症，还有一些严重的患儿会出现肢体抖动、呕吐，心跳、呼吸加快，以及全身性的多器官衰竭，危及生命。如出现以上疑似症状，需尽快前往医院，及时就医。
出疹期症状
在发病早期，患者常表现为低热、疲倦、食欲下降、身体不适、腹痛等前驱症状。发热1~2天后可在口腔黏膜出现散在疼痛性粟粒大小般的水泡，手、足、臀部等处出现红色小斑丘疹或疱疹。部分病例仅表现为皮疹或疱疹性咽峡炎，个别病例或无皮疹。
神经系统受累期症状
少数病例可出现中枢神经系统损害，一般在病程1~5天之内。具体表现为头痛、呕吐、烦躁、肢体抖动、肌无力、颈项强直等症状，类似脑膜炎、脑炎、脊髓灰质炎样综合征、脑脊髓炎的症状体征。
心肺功能衰竭前期症状
多发生在病程5天内，表现为心率和呼吸加快、出冷汗、四肢末梢发凉、血压升高等症状。此期属于手足口病重症病例的危重型，及时发现并正确治疗是降低病死率的关键。
心肺功能衰竭期症状
心肺衰竭期表现为心动过速、呼吸急促、口唇发绀、咳粉红色泡沫样痰或血性液体。严重者血压降低，或有休克，会出现生命体征不稳定，危及生命。