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在美洲本病须与西方马脑炎、圣路易脑炎、单纯疱疹性脑炎等鉴别诊断。例如西方马脑炎、圣路易脑炎的主要特点如下所述：
1、西方马脑炎
是由西方马型脑炎病毒引起的人马共患的病毒性疾病。因首先发现于美国西部，故称为西方马型脑炎。主要临床表现与东方马脑炎相似，但要比东方马脑炎轻，病死率亦低。西方马型脑炎病程3～5 天，大多在8～14 天。成年人多无后遗症，乳幼儿后遗症常有智能低下、情绪不稳、四肢强直性瘫痪;老年患者则表现为精神障碍和人格改变。
2、圣路易脑炎
大多为隐性感染，临床症状与其他病毒性脑炎相似，以发热、头痛和中枢神经系统症状为主要症状，一般持续数天后即可完全恢复，通常病程经过良好，少数患者病后留有不同程度后遗症。
3.单纯疱疹性脑炎
是由单纯疱疹病毒引起的中枢神经系统最常见的病毒感染性疾病。可有口唇疱疹史，体温可达38.4-40.0℃，并有头痛轻微的意识和人格改变，有时以全身性或部分性运动性发作为首发症状。前驱期有发热、头痛、肌痛、嗜睡、腹痛和腹泻等症状。
